El himno del colegio está inspirado musicalmente en la melodía del himno de la actual Escuela Naval Arturo Prat. A mediados de los años sesenta, el profesor de música Hilarino Daroch, hizo esta adaptación que ha permanecido a través de generaciones. Fue grabada y musicalizada recién en 2016.
Elevemos un himno solemne
Cuál incienso que sube al altar.
Implorando por nuestra Escuela
Bendiciones y glorias sin par.
En ella vive la patria futura
Que nos traza sublime ideal
Nuestras ansias en ella concentran
Por lograrlo sabremos luchar.
En la lucha por grande que sea
Nuestra escuela sabrá cumplir
Por la ciencia recibe la savia
Con su lema "amar y servir"
En la lucha por grande que sea
Es vivir por la ciencia y saber
Es el lema que alegre nos guía
Por la patria por Dios y la paz.
Adelante con nuestro lema
Santa Marta nos guiará
Trabajemos compañeros
Que el trabajo dice amor (bis)
Escucha el himno del colegio AQUÍ
