El Colegio Santa Marta fue fundado en el año 1959 como Escuela Básica Particular número 398 Santa Marta, con un objetivo muy preciso: educar y ayudar a las familias de escasos recursos que habían llegado a habitar en los terrenos llamados Las Siete Canchas. Estos se encontraban emplazados al lado de la Parroquia Santa Marta, que pertenecía a la Congregación del Sagrado Corazón de Holanda (Dehonianos).
El Padre Cornelio Selders asumió la dirección de la Escuela comenzando su actividad con dos cursos, primero y segundo año de preparatoria.
En 1964 llegan las religiosas Misioneras de San José quienes dieron un nuevo impulso a la escuela apoyando la formación pedagógica. Desde 1966 hasta 1982, el Colegio fue dirigido por el Padre Luis Sievelink. Más tarde, ocupa el cargo de director don Pedro Weigmar y posteriormente en 1986, asume la profesora de Castellano, Sra. Oriana Meza, como directora interina hasta el año 1987.
A partir de ese año tomó el cargo el señor Raúl Fernández, profesor de historia. En el año 2002, la señora Rosa Carreño ocupa el cargo de directora, quien incorpora el nivel de prekínder y da inicio al Proyecto de Integración.
A fines del 2006 los sacerdotes Dehonianos dejan el Colegio en manos del Arzobispado de Santiago, bajo la responsabilidad directa de la Parroquia Santa Marta. Durante la administración del párroco de entonces, Pbro. Javier Barros Bascuñán, el establecimiento adquiere la condición de colegio parroquial.
En el año 2007 llega a la dirección el señor Raúl Díaz. Al año siguiente, asume como director el señor Fernando Pereira. Durante su gestión empieza a funcionar la Enseñanza Media y se da inicio al proyecto de ampliación. En el año 2010 se da término al Proyecto de Integración.
A fines del 2014, el Colegio Santa Marta pasa a formar parte de la Fundación Educacional Sociedad de Escuelas Católicas de Santo Tomás de Aquino, y asume como rectora la señora Maritza González. En su periodo, se retomó el canto del himno del colegio y la musicalización de este; se trabajó en la integración y participación del colegio a todas las actividades de la Fundación.
En 2018 asumió como rectora la Sra. Javiera Gamboa. En su período se ha mantenido un trabajo de apoyo permanente a los niños, sobre todo, a propósito de la pandemia del Covid-19 que afectó al mundo -sobre todo-, al mundo de la educación a partir de 2020. Asimismo, durante esta gestión se ha trabajado en la integración de los alumnos más necesitados, así como la continuación en la profundización en la relación con la hoy Red Educacional Santo Tomás de Aquino.
En diciembre del año 2022 asume la Rectoría del colegio, la profesora Mabel Osorio, en el inicio de su administración se ha planteado como desafíos: la restitución de aprendizajes de calidad luego de dos años de excepcionalidad pandémica, también la consolidación de la alianza escuela-familia en el fortalecimiento del proyecto educativo y finalmente resignificar el sello de “Santa Marta” y su lema “amar y servir”
